衢州市第二人民医院病理科是衢江区区域病理诊断中心，是浙二-UCLA病理联合诊断衢州分中心，与浙大二院病理科紧密对接，常年有浙大二院病理科常驻专家，为患者提供高质量的诊断支持。科室设有有标本取材室、常规技术室、诊断室、细胞室和档案室、标本存放室、冰冻切片室、免疫组化室等。作为衢江区病理诊断中心，也承担区域临床组织、细胞病理学检查工作。目前科室现有8人，诊断医师3人，病理技师3人，技术辅助1人，外聘病理专家1人；其中副高2人，中级2人。科室配备有蔡司及OLYMPUS双目显微镜数台，多人共览显微镜，Leica全封闭自动脱水机、冰冻切片机、石蜡包埋机、石蜡切片机、全自动染色机，全自动免疫组化染色机、数字切片扫描仪等先进设备。
开展的项目有：常规组织病理，细胞病理（包括胸腹水细胞，细针穿刺细胞学，液基细胞及细胞蜡块等),术中冰冻切片，免疫组化及特殊染色技术，病理远程会诊等检查与诊断项目。